A empresa estabelecida por Edouard Heuer em 1860 se baseava em dois fundamentos: liderança familiar e inovação técnica. Estes fundamentos foram muito úteis para a empresa, tanto nos primeiros anos quanto nas décadas seguintes.
Aos 20 anos de idade Edouard Heuer abriu sua relojoaria na fazenda da família, em Saint-Imier, produzindo relógios de bolso, principalmente em prata. Em 1864 ele mudaria a empresa para Brugg, onde funcionou sob o nome Edouard Heuer & Compagnie. O terceiro local foi estabelecido em 1867, quando Edouard Heuer mudou sua empresa para a cidade de Bienne, próxima a Bern. A empresa permaneceria em Bienne por mais de 100 anos.
Em 1869 Edouard Heuer mudou o curso da relojoaria com a sua primeira patente, relacionada a um sistema de corda sem chave, operada por uma coroa. Essa nova coroa para dar corda substituiu a chave separada que era exigida para dar corda em um relógio, provando ser uma inovação popular. A Edouard Heuer & Cie. continuou a inovar nas áreas de design, engenharia e fabricação, motivada por seus instintos de empreendedor e sua forte visão do futuro.
Nos anos 1880 as competições esportivas rapidamente se expandiram, e Edouard Heuer reconheceu que cronógrafos de bolso de precisão eram importantes nesses eventos. A empresa começou a produzir grandes quantidades de cronógrafos de bolso, que eram usados para cronometrar corridas em estradas, pistas cimentadas e sobre a água. O cronógrafo, talvez em uma caixa de prata, se tornou um símbolo de status para entusiastas de corridas de cavalo ou cachorros (galgos), assim como para outros esportistas.
Em 1887, Heuer apresentou uma patente para melhorar o "pinhão oscilante".Esta melhoria permitiu iniciar e parar o cronógrafo, instantaneamente, com o uso de um botão. Ao otimizar o design do movimento, o pinhão oscilante simplificou a montagem e a manutenção do cronógrafo. Edouard Heuer considerou esta inovação como “o cronógrafo perfeito” e é usada ainda hoje.