Das 1860 von Edouard Heuer gegründete Unternehmen stützte sich auf zwei Fundamente: Familienführung und technische Innovation. Diese beiden Säulen trugen das Unternehmen sowohl in den ersten Jahren als auch in den folgenden Jahrzehnten.
Im Alter von 20 Jahren eröffnete Edouard Heuer sein Uhrenatelier auf dem Familienhof in Saint-Imier, in dem er Taschenuhren, zumeist in Silber, herstellte. 1864 verlegte er das Unternehmen nach Brugg, wo es unter dem Namen Edouard Heuer & Compagnie firmierte. Der dritte Standort war die Stadt Biel im Kanton Bern, in die Edouard Heuer sein Unternehmen 1867 verlegte. Das Unternehmen sollte über 100 Jahre in Biel bleiben.
1869 revolutionierte Edouard Heuer mit seinem ersten Patent, ein Kronenaufzugsmechanismus ohne Schlüssel, die Uhrmacherei. Diese neue Aufzugskrone ersetzte den separaten Schlüssel, der für den Aufzug einer Uhr erforderlich war, und erwies sich als eine äußerst beliebte Innovation. Edouard Heuer & Cie. schaffte weitere Neuerungen in den Bereichen Design, Technik und Fertigung, angetrieben von seinem Unternehmergeist und seiner starken Zukunftsvision.
In den 1880ern breiteten sich sportliche Wettkämpfe rasch aus, und Edouard Heuer erkannte, dass präzise Taschenchronographen für solche Veranstaltungen von Bedeutung waren. Das Unternehmen begann mit der Produktion großer Mengen von Taschenchronographen, mit denen Zeiten von Rennen auf Straßen, Aschenbahnen und auf Wasser gemessen wurden. Der Chronograph, zuweilen in einem silbernen Gehäuse, wurde zum Statussymbol für Pferde- oder Windhundliebhaber sowie Sportler.
Im Jahr 1887 entwickelte Heuer ein Patent, um den „Schwingtrieb“ zu verbessern.Durch diese Verbesserung konnte der Chronograph direkt über einen Drücker gestartet und gestoppt werden. Durch die Optimierung des Uhrwerkdesigns vereinfachte der Schwingtrieb die Montage und Wartung des Chronographen. Edouard Heuer bezeichnete diese Innovation als „den perfektionierten Chronographen“ und sie wird bis heute verwendet.